Tento proces, teda dýchanie je predmetom diskusii. Pokúsime sa ho vysvetliť. Väčšina ľudí považuje za dýchanie to, čo vidí. Nádych a výdych. Nádych nosom alebo ústami, výdych znovu nosom alebo ústami. Vdychujeme vzduch (teda kyslík), vydychujeme kysličník (oxid) uhličitý a vzduch, ktorý je ochudobnený o časť kyslíka. Asi budete prekvapení, ale toto dýchanie nie je. Lepšie povedané, ide o tzv. vonkajšie dýchanie, ktoré nevystihuje samotnú podstatu dýchania.
Ale od začiatku. Život na Zemi sa objavil asi pred 4 miliardami rokov. V atmosfére prevažoval kysličník uhličitý a dusík. Úplne chýbal kyslík. Preto prvotné organizmy získavali energiu „kvasným“ štiepením organických zlúčenín, pričom vznikali jednoduchšie látky. Zisk energie nebol veľký, ale slúžil na prežitie a rozmnožovanie primitívnych organizmov typu baktérií. Malo to však veľkú výhodu. Na tieto pochody nebol potrebný kyslík, ktorý ani nebol k dispozícii. Keď látok na kvasenie začalo ubúdať, pred 3,5 miliardami rokov sa objavili nové tvory. Boli to „zelení mužíci“. Zelení mužíci sa dokázali živiť slnečným svetlom. Doslova a do písmena. Pomocou slnečného svetla spotrebovávali kysličník uhličitý a vodu. Vytvárali organické látky a, čo je hlavné, kyslík. Kyslík pochádzal z vody. Tieto tvory pravdepodobne spôsobili najväčšiu ekologickú katastrofu v dejinách Zeme. Kyslík je jed, ktorý okysličovaním ničí viaceré stavebné jednotky buniek. Asi pred 1,8 miliardami rokov sa objavili organizmy, ktoré sa dokázali proti smrteľnému plynu – kyslíku, brániť. Skrotili oheň. Nie tak, ako to vidíme pri horení ohňa v kozube. Skrotený oheň „bol schovaný“ do membrán a konal užitočnú prácu. Na konci dýchacieho reťazca, kde bol schovaný oheň, sa kyslík viaže s vodíkom – vznikne voda a pomerne veľa, veľa energie. Asi dvadsaťkrát viac, ako pri iných metabolických pochodoch, napr. kvasení. Organizmy schopné viazať kyslík a spájať ho s vodíkom na vodu, splynuli s inými bunkami. Dodnes sa nachádzajú v každej eukaryotickej bunke a dýchajú o stošesť, pričom organizmu dodávajú prepotrebnú energiu. Nazývajú sa mitochondrie. Bez nich by sa na Zemi nenachádzal nijaký vyšší živý tvor vrátane človeka. Toto je to „pravé“ dýchanie, ktoré sa niekedy nazýva aj vnútorným dýchaním. Pre predstavu ako je toto vnútorné dýchanie tým naozajstným dýchaním, si pozrite film, keď niekoho otrávili kyanidom. Kyanid blokuje dýchací reťazec (dýchanie) v mitochondriách. Veľmi účinne.